Действие игры происходит в альтернативном мире 1979 году, во время холодной войны, когда СССР и США объединяют свои усилия для борьбы с инопланетным вторжением. Как и в оригинальной UFO Defense, игровой процесс разделён на стратегическую часть (Geoscape) и тактическую (Combat Viewer). В стратегической части игрок создаёт и развивает базы, набирает персонал для них, проводит научные исследования, ведёт борьбу с кораблями пришельцев. Тактическая часть представляет собой пошаговый наземный бой. Одно из самых значительных нововведений по сравнению с UFO Defense — тактический воздушный бой между истребителями-перехватчиками землян и «летающими тарелками». В наземных миссиях будут введены альтернативные условия победы, избавляющие игрока от необходимости уничтожить всех инопланетян на карте, а также дружественные игроку солдаты под управлением компьютера. Разработчики игры выразили свой подход к тактическому бою следующим образом: «Вы должны терять юниты из-за своих ошибок, а не из-за невезения, поэтому оружие наподобие бластерной бомбы, способное уничтожить половину вашего подразделения, было убрано и заменено оружием, которому умелый игрок может противостоять».